Впровадження результатів науково-дослідної роботи є одним з основних напрямків діяльності з перших днів створення інституту. Відділ застосування відновлював роботу в 1934 та 1944 роках і в різній організаційній формі проводить роботу по трансферу інновацій  в підприємствах агропромислового комплексу.

Діяльність відділу спрямована на забезпечення захисту прав інтелектуальної власності, організацію та удосконалення патентно-ліцензійної справи та маркетингову діяльність.

Основними завданнями та функціями відділу є:

–         проведення маркетингово-економічного аналізу ринку агропромислового виробництва регіону з метою ефективної реалізації пріоритетних напрямків досліджень установи з урахуванням ринкового попиту, потреб і вимог товаровиробників-аграрників,

–         апробація, доопрацювання конкурентоздатної науково-технічної продукції стосовно умов регіону та освоєння в агроформуваннях області;

–         агрометеорологічне забезпечення проведення наукових досліджень;

–         супроводження технологій вирощування сільськогосподарських культур;

–         розробка та економічне обґрунтування інноваційних бізнес-проектів;

–         здійснення інформаційно-консультаційного забезпечення виробничих і управлінських структур;

–         організація постійно діючих демонстраційних полігонів, виставок, виставок-ярмарок, семінарських навчань.

Колектив відділу: Завідувач відділу к.с.-г.н. Р.М. Бордун,  п.н.с., к.с.-г.н. М.П. Бондаренко, н.с. Р.М. Шматенко.

Значний вклад в економіку сільськогосподарських галузей, пропаганду, впровадження наукових досягнень та в різні роки внесли кандидати с.-г. наук Клунько С.К., Жарік Г.Г., Натяга М.І., Радчук О.О.